El programa tiene como objetivos fundamentales:

- Conocer la agenda actual de investigación sobre el profesorado de Ciencias Experimentales, Sociales y Matemática así como las fuentes bibliográficas comunes y de cada área. Entre otras, iniciar una aproximación a los trabajos sobre: las concepciones alternativas de los alumnos y las de los profesores, la implantación de estrategias de investigación escolar en la enseñanza habitual de Ciencias, la resolución de problemas, los trabajos prácticos de laboratorio, el diseño curricular, la evaluación, las relaciones Ciencia-Técnica-Sociedad, las relaciones entre la enseñanza y el aprendizaje, la Epistemología y la Historia de la Ciencia, la formación del profesorado, la alfabetización científica, etc.

- Revisar las distintas líneas de investigación sobre el desarrollo profesional del profesor en nuestras áreas, sus marcos teóricos y metodológicos y los problemas de investigación que se derivan.

- Definir y analizar modelos de investigación en didácticas específicas. 

- Relacionar y diferenciar la investigación didáctica y la innovación educativa. Profundizar en el análisis de algunas líneas de investigación de especial relevancia que se vienen desarrollando en los grupos de investigación de los Departamentos participantes en este Programa de Doctorado. 

- Conocer el proceso de investigación en educación, desde la planificación, la recogida de datos, su análisis y la redacción de la memoria de investigación. 

- Proponer ejemplificaciones que permitan el uso de diversos instrumentos de investigación. 

- Contribuir al esclarecimiento de los intereses personales de los alumnos participantes en cuanto a problemáticas y líneas de investigación sobre la enseñanza de las Ciencias, potenciando la búsqueda de convergencia y compatibilidad entre la docencia, la investigación y el desarrollo profesional del profesor que investiga, en su aula y en equipo.

- Promover la realización por los alumnos participantes de diversas formulaciones de un proyecto de investigación, ayudando a éstos a salvar los obstáculos que encuentran habitualmente en las tareas de diseño de investigaciones educativas dotados del rigor necesario. 

- Promover la investigación colaborativa. 

- Dotar de las herramientas necesarias para alcanzar la capacidad investigadora.