La Universidad Internacional de Andalucía participa en proyectos de investigación en colaboración con otras universidades, centros de investigación, instituciones y empresas. Cuenta también con dos centros especializados de apoyo a la docencia y la investigación, el Centro Andaluz de Estudios para el Desarrollo Rural (CAEDER) y el Centro Andaluz de Estudios Iberoamericanos (CAEI) ubicados, respectivamente, en el ámbito de las sedes permanentes de Baeza y Palos de la Frontera.

En el Consejo de Gobierno de 30 de julio de 2009 se aprobó el primer Plan propio de investigación de la UNIA. En el marco de este Plan se desarrollarán distintas convocatorias dirigidas a estudiantes y profesores para ayudar en el desarrollo de trabajos de investigación. 

La UNIA ha desarrollado y coordinado proyectos de investigación en distintas áreas: educación, medio ambiente, energía, tecnologías de la información y comunicación, etc.

Los siguientes son algunos de los proyectos de investigación desarrollados:

Evaluación de Centros TICs. Consejería de Educación.

Desarrollo de un Sistema de Monitorización Avanzado. Isofotón  

Proyecto Bartic. (Base de recursos educativos digitales). Consjería de Educación.

Proyecto SIFKal: Safer Internet for Knowing and Living

Mobile Tecnologies for ad-hoc Learning Moftal. Octubre 2002-2004. Proyecto Europeo (varias universidades y centros investigación)

Evaluación de las cuentas del agua.  Consejería de Medio Ambiente.