El Consejo de Gobierno es el órgano máximo de gobierno de la Universidad. Presidido por el Rector, del mismo forman parte las personas titulares de los Vicerrectorados, la Gerencia, la Secretaría General, así como un representante del personal de administración y servicios (PAS).
Las competencias del Consejo de Gobierno de la Universidad Internacional de Andalucía vienen detalladas en el artículo 25 de sus Estatutos, y son las siguientes:
Ejercer cualesquiera otras competencias que le atribuyan la Ley, los Estatutos y sus normas de desarrollo.
La Universidad Internacional de Andalucía cuenta para su funcionamiento ordinario con una serie de Comisiones, recogidas en los Estatutos de la Institución, como son la Comisión de Postgrado, la Comisión de Extensión universitaria, la Comisión de Investigación y la de Becas, todas órganos colegiados de asesoramiento al Consejo de Gobierno de la universidad.
Además de estas Comisiones estatutarias, la UNIA ha ido constituyendo otra serie de comisiones de trabajo, a través de las cuales profundizar en determinados ámbitos como la Igualdad, la Responsabilidad Social o la Seguridad y la Salud.
Toda la información relativa a las comisiones se encuentra en el apartado de órganos colegiados de la Secretaría General.
El Patronato de la Universidad es el órgano de conexión entre la Universidad Internacional de Andalucía, las instituciones universitarias y los sectores sociales interesados en el mejor cumplimiento de sus fines. Es, por tanto, el ámbito a través del cual se canalizan los objetivos de implicación de la Universidad con la sociedad, a la que rinde cuentas y con la que se compromete en razón de su decidida asunción de los principios de responsabilidad social.
En él están representados los Rectores Magníficos de las otras universidades públicas de Andalucía, diversas instituciones políticas (Ayuntamientos de los municipios que albergan Campus y Diputaciones Provinciales) e instituciones sociales y territoriales que se relacionan con la UNIA.
Las competencias del Patronato de la Universidad Internacional de Andalucía quedan definidas en el artículo 20 de sus Estatutos, y son las siguientes:
1- De programación y gestión universitaria:
2- De carácter económico y patrimonial:
La máxima autoridad académica de la UNIA es el Rector, dirige la política universitaria, ostenta su representación legal y pública, preside el Consejo de Gobierno y cuantos órganos colegiados se reúnan con su asistencia a excepción del Patronato de la universidad y goza del tratamiento y honores que el tradicional protocolo señala.
Es nombrado mediante decreto del Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía, a propuesta del Consejero competente en materia de universidades, oído el Consejo Andaluz de Universidades (CAU).