La máxima autoridad académica de la UNIA es el Rector, dirige la política universitaria, ostenta su representación legal y pública, preside el Consejo de Gobierno y cuantos órganos colegiados se reúnan con su asistencia a excepción del Patronato de la universidad y goza del tratamiento y honores que el tradicional protocolo señala.

Es nombrado mediante decreto del Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía, a propuesta del Consejero competente en materia de universidades, oído el Consejo Andaluz de Universidades (CAU).